ساماندهی و صدور مجوز داروخانه‌های گیاه‌پزشکی یکی دیگر از خدمات سازمان نظام مهندسی کشاورزی و منابع طبیعی می‌باشد.
تغییر نام فروشندگی‌های سموم دفع آفات گیاهی به داروخانه های گیاه‌پزشکی که بر اساس قانون انجام شده است، در راستای هویت بخشی به فعالیت‌های مهندسی بخش کشاورزی و جلوگیری از مداخله افراد فاقد صلاحیت در امور حرفه ای بخش کشاورزی از مهمترین سیاست های سازمان نظام مهندسی کشاورزی و منابع طبیعی می باشد.
تاکنون بیش از ۶۰۰۰ مجوز داروخانه گیاه‌پزشکی در کل کشور صادر و ساماندهی شده است.