از چالش‌های اصلی پیش روی سازمان نظام مهندسی کشاورزی و منابع طبیعی در انجام رسالت‌های مرتبط با اعضا، نداشتن مهارت‌های لازم و کافی در مهندسان کشاورزی برای به کار بستن دانش کشاورزی در محیط‌های واقعی کار و عملیات کشاورزی است. بر این اساس، سازمان نظام مهندسی کشاورزی و منابع طبیعی در دوره پنجم فعالیت، با رویکردی جدید و مردمی کردن امور و تجدید نظر در سیاست‌های آموزشی قبلی، سیاست آموزشی خود را از آموزش‌های “ادبیات محور” به آموزش‌های “مهارت محور” تغییر داده و در اجرای این سیاست، دستورالعمل مهارت آموزی و توان افزایی اعضا را در شورای مرکزی به تصویب رسانده است.
در اجرای این سیاست آموزشی که هدف اصلی آن یاد دادن مهارت و به کار بستن علوم و دانش کشاورزی در واحدهای تولیدی و خدماتی بخش کشاورزی است، در تعامل با صاحبان واحدهای پیشرفته، بهره‌ور و مدرن بخش خصوصی و همکاری هدفمند و هم‌یاری بیشتر این واحدها به عنوان مراکز مهارت آموزی و توان افزایی، اعضای متقاضی با حضور در این مراکز به صورت عملی مهارت آموزی را تجربه می‌نمایند. اتکای به ظرفیت بخش خصوصی، داوطلبانه بودن مهارت آموزی و منتج به اشتغال شدن از اصول اساسی این برنامه مردم محور سازمان می‌باشد.
از این‌رو سازمان نظام مهندسی کشاورزی و منابع طبیعی استفاده از توانمندی‌های علمی، فنی، پژوهشی، آموزشی و شناسایی ظرفیت‌ها، امکانات، تجهیزات و فناوری‌های بخش خصوصی در حوزه انتقال تکنولوژی و پژوهش‌های کاربردی با مشارکت فعالان و تولیدکنندگان برتر بخش غیردولتی، نخبگان، کارآفرینان، مخترعان و مبتکران، شرکت‌های دانش‌بنیان، صاحبان فناوری‌های نوین و مراکز کسب و کارهای نوپا را در برنامه راهبردی خود قرارداده است و ضمن شناسایی این مراکز در ۶ بخش:
۱. مرکز خدمات پژوهش‌های کاربردی کشاورزی غیردولتی
۲ مرکز خدمات انتقال تکنولوژی‌های نوین غیردولتی
۳. مرکز خدمات توسعه کسب و کارهای کشاورزی غیردولتی
۴. مرکز خدمات توسعه علوم و فنون کاربردی غیردولتی
۵. مرکز صدور خدمات فنی و مهندسی کشاورزی غیردولتی
۶. مرکز خدمات توان افزایی و مهارت آموزی غیردولتی
مجوز مراکز تخصصی غیردولتی بخش کشاورزی را صادر می‌کند.
در این بین استان اصفهان نخستین استان در کشور است که با اتکا به ظرفیت‌های بالای بخش کشاورزی، منابع طبیعی و محیط زیست، بیش از ۱۰۰ مرکز تخصصی غیردولتی کشاورزی را سامان‌دهی و مجوز فعالیت این مراکز را صادر کرده است تا با معرفی فارغ‌التحصیلان به این مراکز موجبات توان افزایی ایشان و زمینه انتقال فناوری‌های جدید و ایده‌های نو در بخش کشاورزی استان را فراهم آورد.